W wersji 20.42 systemu Merit można utworzyć układ zależności pracowniczych niezależny od struktury organizacyjnej. Można łatwo ustalić przełożonego i podwładnych. Zmiana umożliwia elastyczne zarządzanie strukturą zależności oraz przyspiesza działanie systemu.
Wcześniej zależności służbowe były ściśle powiązane ze strukturą organizacyjną: wyznaczano je na podstawie komórek organizacyjnych i stanowisk w tych komórkach. W nowej wersji systemu Merit zależności służbowe są ustalane jako imienne wskazania pomiędzy poszczególnymi osobami.
Struktura zależności jest prezentowana jako 'drzewko’, którego wierzchołkiem jest przełożony, a kolejnymi gałęziami jego podwładni. Są widoczne wszystkie osoby w organizacji. Dzięki temu można szybko ustalić, kto jest czyim przełożonym i kto ma jakich podwładnych.
System wyświetla na osobnej liście te osoby, dla których nie określono jeszcze przełożonego. Na liście Pominięci współpracownicy są wyświetlane osoby, które do tej pory nie zostały umieszczone w strukturze zależności służbowych.
Podczas przechodzenia osoby między komórkami organizacyjnymi/stanowiskami struktura zależności służbowych nie zmieni się automatycznie. System wyłapuje jednak sytuacje, że coś się zmieniło i sygnalizuje, że należy zweryfikować aktualną strukturę zależności służbowych.
Typy zależności służbowych są budowane z uwzględnieniem firmy. Dzięki temu każda ze spółek grupy kapitałowej można definiować inne zależności służbowe.