W trakcie pracy systemu Merit można uruchomić dodatkowy – obok podatkowego i bilansowego – tor amortyzacji.
Jeżeli dodatkowy tor amortyzacji jest włączany w trakcie pracy systemu, konieczne jest uzupełnienie danych w tych okresach, dla których wcześniej była obliczana amortyzacja. Dane są kopiowane przez użytkownika z jednego z już istniejących torów amortyzacji.

Tor dodatkowy potrzebuje własnych metod amortyzacji, z unikalnymi kodami. Kody można zmienić po wybraniu akcji Popraw. Używając akcji Walidacja można sprawdzić, które z kodów nie są unikalne.
Po zatwierdzeniu metod amortyzacji następnym etapem jest utworzenie zestawów kont kosztowych. Można zmienić symbole zestawów oraz ich opisy.

Co się zmienia po włączeniu dodatkowego toru amortyzacji
- Na podstawie metod z wybranego toru tworzone są metody amortyzacji dla toru dodatkowego.
- Dla każdego typu dokumentu są uzupełniane znaczniki w polach wyboru dotyczących toru dodatkowego.
- Przenoszone są zestawy kont.
- Na plan amortyzacji nie przenoszą się automatycznie dane po włączeniu dodatkowego toru amortyzacji. Plan amortyzacji należy usunąć i utworzyć na nowo po włączeniu trzeciego toru.